Za pomorščaka najpomembnejši pojavi so valovanje kot posledica vetrov (podrobnejši opisi vetrov v nadaljevanju), spreminjanje nivoja morske gladine zaradi plimovanja (bibavice) ter premikanje morskih mas kot posledica morskih tokov, ki nastajajo zaradi različnih vzrokov.
Morski tokovi v Tržaškem zalivu in slovenskem morju so del oziroma stranska veja zaključenih, stalnih ciklonalnih tokov, ki krožijo v Jadranskem morju, in sicer v splošnem ob hrvaški obali navzgor proti severozahodu ter ob italijanski obali nazaj proti jugovzhodu. Na gibanje morskih mas kot posledico tokov vpliva veliko dejavnikov. Ti dejavniki so predvsem razlika v porazdelitvi temperatur in slanosti morske vode ter posledično njene gostote, stalni vetrovi, plimovanje, globine morja ter reliefne značilnosti obale in morskega dna. Posamezni vplivi se različno odražajo v površinskih in globinskih tokovih.
Površinski morski tokovi v severnem Jadranu nimajo omembe vrednega vpliva na varnost plovbe in navigacijo, v primerjavi s preostalim Jadranom so šibkejši. Velik vpliv na hitrost in smer površinskih tokov imajo močni vetrovi, po celotnem vodnem stolpcu pa vpliva tudi bibavica. Vplivi plimovanja so v Tržaškem zalivu najmočnejši v celotnem Jadranu. Odražajo se predvsem v priobalnem pasu, kjer so hitrosti tokov zaradi plimovanja od 0,1 do največ 0,3 vozla. V kombinaciji z močnimi vetrovi lahko pride do večjih sprememb v razporeditvi vodnih mas ter s tem posledično do razlik v slanostih in tudi v smereh morskih tokov. Cirkulacija vodnih mas je seveda zelo kompleksen pojav in njeno opazovanje zahteva dolgoletne raziskave, študije in analize. V nadaljevanju predstavljeni model je poenostavljen in skuša podati zgolj splošno sliko, ki ne vključuje podrobnih raziskav na ožjem področju. Glavni Jadranski tok teče od Istre proti severu s povprečno hitrostjo približno 0,8 vozla, ob italijanski obali pa se vrača s hitrostjo 0,5 vozla. Pred Savudrijskim polotokom se razcepi – ena veja se nadaljuje proti severu do italijanske obale, kjer glavnina vodnih mas nadaljuje pot ob italijanski obali proti zahodu, del pa občasno ob pomoči močnejših zahodnih vetrov lahko nadaljuje tudi proti severozahodnim obalam Tržaškega zaliva, kjer se pridružijo tokovom izliva reke Soče. Druga veja glavnega Jadranskega toka se že od Savudrijskega polotoka nadaljuje proti severovzhodu in vstopi v Tržaški zaliv ob slovenski obali. Del te veje se nadaljuje vse do Tržiškega zaliva, kjer se zaradi plitvin izrazi kot površinski tok, ki se ob obali obrne in priključi tokovom izliva reke Soče.
Plimovanje (bibavica) v Tržaškem zalivu je najmočnejše na celotnem Jadranu, na kar vpliva predvsem plitvost morja. Plimovanje je posledica privlačnih sil Lune, Sonca ter drugih nebesnih teles, vendar je vpliv Lune daleč najmočnejši. Praviloma se na vsak obhod Lune okoli Zemlje (24 ur 50 min) zvrstita po dvakrat plima in oseka. Najmočnejše plimovanje je takrat, ko delujeta privlačni sili Lune in Sonca v isti smeri, to je ob mlaju in ščipu (polni Luni). Amplituda valovanja je glede na povprečno vrednost visokih in nizkih vod okoli 60 cm, povprečna največja amplituda v Trstu pa znaša 88 cm. Povprečne mesečne višine gladine morja so najvišje od oktobra do decembra, najnižje pa od januarja do marca. Velik vpliv na spremembo nivoja gladine imajo tudi močni vetrovi, ki lahko iz zaliva izrivajo ali pa v zaliv prinašajo večje količine morske vode. Tako največji vodostaji nastopajo običajno ob ciklonih, ki jih spremlja viharni jugo z narivanjem vodne mase proti obalam Tržaškega zaliva.
Agencija RS za okolje (ARSO) izdeluje vsakoletna poročila prognoziranega plimovanja, ki je prikazano s tablicami plimovanja za vsak mesec. Izračun je narejen na podlagi niza opazovanj višin morja na mareografski postaji Koper ter položaja nebesnih teles Sonca in Lune. Višine amplitudnih nihanj so določene glede na srednji nivo morja iz dolgoletnega obdobja. Čeprav je prognozirano plimovanje morja izdelano za Koprsko tovorno pristanišče, so na območju slovenskega morja odstopanja časa in višin od prognoziranega plimovanja majhna. Dejansko nihanje gladine se lahko od prognoziranega plimovanja razlikuje zaradi spremenjenih vremenskih razmer (močnejši vetrovi, odstopanja od povprečnega zračnega tlaka) ter lastnega dolgovalovnega nihanja Jadranskega morja.