Na območju notranjih morskih voda in teritorialnega morja Republike Slovenije veljajo pomorski predpisi, ki jih je vsak uporabnik morskega prostora dolžan poznati in upoštevati. Vsebina teh predpisov in njihovo dosledno upoštevanje sta gotovo ena izmed osnov za varno plovbo. V primeru kršenja predpisov, ki urejajo razmerja na morju, plovilih in v pristaniščih, je storilec kazensko in odškodninsko odgovoren. Zagotovljen je tudi nadzor nad izvajanjem predpisov, varnostjo plovbe, opravljanjem morskega prometa ter vzdrževanjem objektov za varnost plovbe in plovnih poti. Nadzor nad varnostjo plovbe na morju in spoštovanjem pomorskih predpisov izvaja Uprava Republike Slovenije za pomorstvo (v nadaljevanju: Uprava). Pomorski inšpektor ali pristaniški nadzornik lahko na kraju samem za storjeni prekršek predpiše ustrezno sankcijo ali globo. Uprava je hkrati tudi prekrškovni organ; v primeru hujših kršitev upravno-kazenski postopek prevzamejo in vodijo sodniki okrajnih ali okrožnih sodišč.
Suverenost posamezne države se poleg kopnega razprostira še nad njenimi notranjimi morskimi vodami in teritorialnim morjem. Razteza se tudi na morsko dno in podzemlje teritorialnega morja ter zračni prostor nad njim. Suverenost se izvaja v skladu s Pomorskim zakonikom, Konvencijo Združenih narodov o pomorskem mednarodnem pravu (United Nations Convention on the Law of the Sea – UNCLOS ) in drugimi pravili mednarodnega prava. Izhodiščna linija, od katere se meri teritorialno morje (to je meja med notranjimi morskimi vodami in teritorialnim morjem), se imenuje temeljna črta. Temeljna črta je črta srednjega nivoja nizkih nižjih vod ali ravna črta, ki zapira vhod v zaliv (2. odstavek 13. člena Pomorskega zakonika). Pri določanju temeljne črte se kot del obale štejejo tudi najbolj izpostavljene stalne pristaniške zgradbe, ki so sestavni del pristaniškega sistema. Območje zaliva pripada notranjim morskim vodam le v primeru, če je večje od površine polovice kroga, katerega premer definira ustje zaliva (linija oziroma vsota dolžin linij med zunanjimi vhodnimi točkami). Premer tega kroga ne sme biti daljši od 24 M. V notranje morske vode tako spadajo ustrezno veliki zalivi in pristanišča, ustja rek in medotočje oziroma vse vode med obalo in temeljno črto. Prav tako se lahko notranje morske vode določijo tudi z geografskimi koordinatami. Notranje morske vode Republike Slovenije obsegajo vsa pristanišča, zalive ter sidrišče koprskega pristanišča, ki ga omejuje poldnevnik 13°40′ vzhodno in vzporednik 45°35′ severno (5. člen Pomorskega zakonika) .
Vsaka država ima pravico določiti širino svojega teritorialnega morja do meje, ki ne presega 12 morskih milj, merjeno od temeljnih črt, določenih v skladu s to konvencijo (3. člen UNCLOS). Državna meja poteka po črti zunanje meje teritorialnega morja. Carinsko območje posamezne države na morju obsega celotno teritorialno morje in notranje morske vode. Morsko mejo med Republiko Slovenijo in Republiko Italijo določa mednarodna pogodba – Osimski sporazumi (v veljavi od 11. oktobra 1977), in poteka po nekdanji morski meji med Republiko Italijo in Socialistično federativno Republiko Jugoslavijo (SFRJ). Meja s sosednjo Republiko Hrvaško je bila določena z arbitražno razsodbo leta 2017.