Koprski zaliv se je od starega mesta nekoč zajedal vse do Škocjanskega zatoka, ki je danes delno zasut in ločen od morja z nasipom. Ohranjeni del zatoka nudi zatočišče številnim vrstam močvirskih ptic in rastlinja. Danes je Koper predvsem po zaslugi tovornega pristanišča hitro razvijajoče se sodobno mesto s približno 25 000 prebivalci.
Glavni orientirji pri vplutju v mestno pristanišče Koper so svetilnik rdeče barve na čelu zunanjega, severnega valobrana (45°32.90′ N, 13°43.33′ E, R.Bl(2)10s7m4M), svetilnik bele barve brez luči na čelu vzhodnega pomola mejnega prehoda za mednarodni pomorski promet (v nadaljevanju: carinski pomol) (45°32.89′ N, 13°43.43′ E, ugasnjen), svetilnik zelene barve na čelu južnega pomola ob vhodu v E del pristanišča (45°32.87′ N, 013°43.43′ E, Z.Bl.5s7m4M), izstopajoči cerkveni zvonik v centru starega mestnega jedra, visoke stanovanjske stolpnice rdeče barve v neposrednem zaledju pristanišča in velika bela stavba Uprave RS za pomorstvo tik ob vznožju carinskega pomola.
N del pristanišča tvori približno 130 m dolgo betonsko nabrežje z globinami od 3 m na čelu pomola do 1,5 m v skrajnem notranjem delu pristanišča. S S strani zapira ta del pristanišče carinski pomol v dolžini 50 m. Namenjen je privezu službenih plovil uprave in policije, potniškim turističnim plovilom ter plovilom, ki opravljajo carinske formalnosti – največji dovoljeni ugrez plovil je 3 m. Na S strani pomola stoji nad morsko gladino merilna hišica, v kateri je stalna mareografsko-meteorološka in GPS-postaja Agencije RS za okolje.
Vzhodni del pristanišča tvori majhen mandrač z globinami do 2 m, zaprt z dolgim in ozkim pomolom (globine na notranji strani pomola do 1,5 m). Zahodno od njega ta del pristanišča zapira novejši južni pomol, na koncu katerega stoji omenjeni zeleni svetilnik. Od vznožja zunanjega pomola mandrača v smeri SW je pas občasno poplavljenega območja (na karti prikazan v zeleni barvi).V mestnem pristanišču Koper je skupno urejenih 190 komunalnih privezov, katere zasedajo predvsem plovila domačinov.
Dnevni privez za ostala plovila ni možen, z izjemo pristanka v sili ali začasnega priveza na carinskem pomolu, v kolikor je prostor na razpolago. Upravljavci pristanišča zato v primeru polne zasedenosti preusmerjajo plovila v bližnjo marino. V pristanišču je tudi manjše dvigalo (do 1,5 t). Pristanišče je zaščiteno pred vetrovi N do S smeri, slabše pa pred vetrovi W do SW smeri. Slednji znotraj pristanišča povzročijo močnejše valovanje (mrtvo morje), ki je za majhna plovila lahko zelo neprijetno in tudi nevarno. Predvsem v zimskem času lahko močnejši jugo ob dolgotrajnejšem pihanju povzroči poplavljanje pomolov znotraj pristanišča.
Pomembnejše javne ustanove:
- Uprava RS za pomorstvo, Ukmarjev trg 2, :+386 (0)5 663 21 06, +386 (0)5 663 21 08, +386 (0)80 18 00 (brezplačna št.), e-pošta: ursp.box@gov.si
- Postaja pomorske policije Koper, Ukmarjev trg 6, :+386 (0)5 613 13 80, e-pošta: ppop.pukp@policija.si
- Carinski urad Koper, Vojkovo nabrežje 36, :+386 (0)5610 80 00, e-pošta: kp.oc-kp.fu@gov.si
- turistične informacije TIC Koper, Titov trg 3, : +386 (0)5 664 64 03, e-pošta: tic@koper.si
- zdravstveni dom Koper, Dellavallejeva ul. 3, : +386 (0)5 664 71 00, e-pošta: info@zd-koper.si
- lekarna Koper, Kidričeva 2, : +386 (0)5 611 00 00;
- banka, pošta in trgovine v centru mesta Koper v neposredni bližini.